Игорь

/boot - отдельный раздел. Без LVM.
Из всего остального свободного места делаете LVM. Выносите на отдельный тома /var/log, /var/www, /var/lib/mysql. Это основные директории для веб-сервера. Сразу отводить под них все место не надо. Лучше сделаейте минимум, а оставшееся свободное место оставьте в LVM (добавить куда нужно всегда успеете).

Файловую систему рекомендую ext4, как очень надежную и проверенную временем или xfs, как более новую. Отключать журнал не надо, лучше затюнить опции монтирования, например, добавить noatime, nodiratime, nobarrier.

clonezilla
dd

У clonezilla приятный достаточно интерфейс.

Посмотрите на MHDD:
www.ihdd.ru/mhdd

Но если на диске стали появляться сектора с задержкой в 500ms нужно уже задумываться о замене диска.

Покажите фото планки или напишите модель машины HP.

Zalman ZM-K500 Black USB относительно бюджетная механика, если хочется просто попробовать как оно и как раз без цифрового блока:
market.yandex.ru/model.xml?modelid=9284720&hid=723...
Работаю за такой уже больше года, полет нормальный. Доволен. Уровень шума приемлемый.
TKL - это скорее субъективное предпочтение, нежели задача вместиться в какое-то узкое место. Также отучает дергать руками на цифровой блок.

Что касается клавиатуры без надписей, то такую на самом деле не так просто найти. Я купил себе для дома Leopold FC700R, но пользовался пока мало, так как дома в основном за ноутбуком сижу.
Она есть с Cherry-MX Brown и также выполнена в TKL форм-факторе.