У меня в проектах это так сделано:
"husky": {
"hooks": {
"pre-commit": "lint-staged"
}
},
"lint-staged": {
"!(_*).scss": [
"csscomb --tty-mode",
"stylelint --fix --color --config ./.stylelintrc",
"git add"
],
"*.js": [
"eslint --fix --color",
"prettier --write",
"git add"
]
},
И все отлично работает. Файлы с префиксом _, например _filename.scss, csscomb пропускает.
P.S. можно по-порядку указать, какие инструменты использовать перед коммитом, т.к. это просто cli-интерфейс, как будто командная строка.