Это подтвержденная проблема в gnome и решение легко гуглится. Надо либо отключить плагин в гноме, который выводит значки энидеск и т.д. в трей, либо снести энидеск.
Если тебе твои настройки не дороги, как понял из твоего описания, то используй просто отдельный диск для хранения своих данных. Ничего плохого в этом нет.