С ZFS мало знаком, оперативной памяти на самом сервере хватает? У самих виртуальных машин только производительность дисков упала, к примеру когда что либо копируется или в целом отзывчивость упала? Скажем запуск программ медленно идет и работа с ними тоже упала?
У меня calibre запущен в openvz контейнере, занимает 4Gb, уже установленный calibre занимает
[root@calibre opt]# du -sh calibre
162M calibre
Я не думаю что это очень много. Даже если он у Вас тащит половину Иксов, это на диске все равно в море.