Xороший софт для управления проектом + багтрекер + контроль версий?

Из open source иерархия есть только в Redmine, насколько я знаю. Если возможностей Redmine не хватает (например, в области security или интеграции или еще где) — тогда точно TrackStudio :-)

Xороший софт для управления проектом + багтрекер + контроль версий?

В JIRA тикеты и суб-тикеты разные вещи и 1 уровень иерархии, насколько я помню.