Проблему удалось решить, не понятно почему в одном месте функция mssql_close(); не срабатывала, соответственно, висела куча коннектов. Решение через одно место, как говорится, два раза в коде дописали mssql_close(); и все коннекты стали вовремя закрываться.
Мне, кажется, это будет не лучшая идея. Если я правильно понимаю, все взаимодействие будет происходить через одно открытое соединение, в следствие чего могут скопиться большие очереди из запросов. Я не ошибаюсь?