Устанавливать ОС отмонтировав второй диск. Но даже так, в той же Ubuntu будет видно разделы другой ОС, если диск этой ОС подключен.
Если нужно совсем раздельно, то вариант с внешними SSD, самый оптимальный и безопасный. Сейчас есть достаточно объемные и компактные внешние SSD.