Это делаем при инициализации:
var myMap = new ymaps.Map("map", {
center: [59.93, 30.31],
zoom: 10,
behaviors: ["scrollZoom"]
}
);
myMap.behaviors.disable("scrollZoom");
Это при клике на div с картой:
myMap.behaviors.enable("scrollZoom");
Должно работать, но не проверял.