Как вывести пагинацию в LinkPager через dataProvider?

А почему не используете стандартные виджеты для вывода данных? Там все это автоматом делается. И я так понял вы ActiveDataProvider в view создаете? Вообще то это в контроллере делается.
Попробуйте так как писал slo_nik :

function actionIndex()
{
    $query = House::find()->andFilterWhere(['wall' => $modelHouse->wall, 'city' => $modelHouse->city])
                ->andFilterWhere(['between', 'price', $modelHouse->priceFrom, $modelHouse->priceTo])
                ->andFilterWhere(['between', 'area', $modelHouse->areaFrom, $modelHouse->areaTo])
                ->andFilterWhere(['room' => $modelHouse->room,]);
    $countQuery = clone $query;
    $pages = new Pagination(['totalCount' => $countQuery->count(), 'pageSize' => 3]);
    $dataProvider = new \yii\data\ActiveDataProvider([
        'query' => $query->offset($pages->offset)
            ->limit($pages->limit),
        'pagination' => $pages,
    ]);
    return $this->render('index', [
         'dataProvider' => $dataProvider,
    ]);
}

А в view:

<?php \yii\widgets\LinkPager::begin([
        'pagination' => $dataProvider->getPagination(),
    ]) ?>

Как генерировать ссылки перехода на страницу по запросу?

Пожалуйста! Будет хорошо, если вы отметите мой ответ решением.

Как подлезть в скрипт до начала выполнения в Yii2?

Что мешает в этом действии провести проверку признака в БД и вызывать необходимые действия уже после проверки?
В конце концов вы можете переопределить UrlManager своим классом в котором добавить
protected function beforeParseRequest()
{
//здесь проверка признака в БД
return true or false
}
и переопределить функцию
public function parseRequest($request)
{
if($this->beforeParseRequest()) {
return parent::parseRequest($request)
} else {
//действия в случае закрытого сайта
}
}

Nginx + Yii2 = один домен, при этом в разных папках проекты, не работает, как осуществить?

alex stephen и Максим Тимофеев вам уже пояснили как сделать, тогда и конфиг nginx'а править не надо.
Я бы сделал такую структуру папок
app
--a //Здесь приложение a
--b //Здесь приложение b
vendor //Здесь ядро Yii2
www
--a
index.php //Точка входа приложения a
--b
index.php //Точка входа приложения b
Поправить пути в конфигах приложений и в индексных файлах. Все.