Где-то читал, что фильтр может положительно влиять на индексацию
Верно.
что сайт оптимизирован для пользователей.
не столько они смотрят, что сайт оптимизирован для пользователей, сколько это может дать значительный приток дополнительного трафика.
Идеально - доработать фильтры, чтобы они выдавали разные метатеги. Тогда Яндекс перестанет ругаться.
