Настройте свой веб сервер так, чтобы ваш сайт исполнялся от вашего имени. А не от системного пользователя. И тогда и вам будет легко править данные, и файлы, созданные вашим движком или веб сервером будут вам доступны.
Подсказываю - обычно всякие web панели типа ispmanager, vesta и т.д. так и делают.