Точно так же, как и в таблице на 100 записей, и точно так же, как и в таблице на 100 млн записей.
Выполнением запроса update с соответствующим условием.
каждый сайт должен исполняться от своего пользователя.
Если у вас shared хостинг - то только заводить на каждый сайт отдельного пользователя, отдельно оплачивать и т.д.
Если у вас vds\vps\dedic - то заводите каждый сайт в отдельном юзере.
запрос на https идет в шифрованном виде.
либо блокировка через фаервол (блокируйте ип адреса)
либо блокировка через днс (создаете в своем днс сервере нужные домены и указываете ип заглушки)
либо транспарент прокси на http&https и фильтруете в нем....