Надо разделить вопросы, деплой БД и установка-настройка пакетов, ОС - это разные задачи (я считаю что их смешивать не нужно).
По установка-настройка пакетов, ОС вот пара вариантов:
1. Самый правильный (имхо) использовать готовые решения для подобных задач puppet, chef, salt и etc
2. Написать bash скрипт велосипед, который будет заливаться на целевой хост (любым путем, хоть ssh, хоть git clone) и выполнятся там, ставить пакеты, качать из своего источника пакеты, файлы конфигураций, настроек и т.п., шаблонизировать их, рапортовать о результате.
По деплою БД, тут решение очень зависит от исходных данных.
Как минимум эту задачу можно решить sql дампом и его заливкой: можно слить-залить файл (ftp scp ssh rsync), можно пайпом через ssh прокачать и сразу в БД толкать...
