Надо разделить вопросы, деплой БД и установка-настройка пакетов, ОС - это разные задачи (я считаю что их смешивать не нужно).
По установка-настройка пакетов, ОС вот пара вариантов:
1. Самый правильный (имхо) использовать готовые решения для подобных задач puppet, chef, salt и etc
2. Написать bash скрипт велосипед, который будет заливаться на целевой хост (любым путем, хоть ssh, хоть git clone) и выполнятся там, ставить пакеты, качать из своего источника пакеты, файлы конфигураций, настроек и т.п., шаблонизировать их, рапортовать о результате.

По деплою БД, тут решение очень зависит от исходных данных.
Как минимум эту задачу можно решить sql дампом и его заливкой: можно слить-залить файл (ftp scp ssh rsync), можно пайпом через ssh прокачать и сразу в БД толкать...

По логам: вариантов много, кроме уже озвученных могу добавить:
1. Использовать AMQP (rabbitmq + федерация) и федерируйте логи куда угодно на любой сервер, там на принимающем сервере можете уже писать куда угодно можно даже "на лету" что-то агрегировать и т.п.
2. Использовать Scribe и им гнать сообщения в лог на любой удобный сервер сборщик-агрегатор
Оба решения позволяют доставлять сообщения в лог и в случае недоступности одного сервера-приемника пере-доставить на резервный. Писать можно куда угодно, можете в mongodb, можете в mysql+tokudb (у нее скорость работы на запись отличная и место можно за счет сжатия сэкономить)

По поводу HA: перенаправление запросов в случае отказа одного сервера, тоже много вариантов:
1. Дополнительный балансировщик перед серверами обрабатывающими запросы, nginx, haproxy и т.д. (но тут момент - этот балансировщик станет SPOF)
2. Использовать решения, например heartbeat и при выпадение сервера - переподнимать на резервном интерфейс и тушить на первом (спустя небольшое время все запросы пойдут на новый сервер)