ссылаетесь на гражданский кодекс РФ и говорите генеральному, что он ходит под статьей. предварительно проверяете свою должностную инструкцию (что там написано в разделе обязанности и ответственность). если это ваша проблема (читай, согласно ДИ вы отвечаете) - докладная записка вполне может прикрыть вам попу, если будет, как минимум, содержать подпись о ее приеме со стороны секретаря или самого директора (в смысле копия), а после будет разработан хотя бы план закупки лицензированного ПО и заложены деньги в бюджете на него. все это сработает, если сможете доказать факт начала использования до вашего прихода на эту должность. и надо пробивать эту самую закупку. хочется также сказать, что последствия могут быть, если в ходе следствия или проверки удастся доказать факт коммерческого (а не в личных целях!) использования софта. так что для прикрытия попы хорошо бы вам проинформировать коллег , что использование такого ПО неправомерно, ибо нарушает законы РФ. также хорошо бы составить официальные утверждение перечни ПО , используемого в организации и подписать у ген мира (в этом перечне должны быть только лицензированных программы). все остальное-типа ничего не знаю :) мы в компании делали так: доступ к нелицензированному ПО был предоставлен на свой страх и риск только руководителям отдельных подразделений, которые ну никак не могут без него (потом все-таки закупили по парочке лицензий).
если же это проблема ген мира, все-таки проинформируйте его, что это его проблема.