Madion

За причиненный Работодателю ущерб Работник несет материальную ответственность в пределах своего месячного заработка, за исключением случаев, предусмотренных ст. 243 ТК РФ.

Непонятно какой именно ущерб вы принесли работодателю. Уронили греческую вазу на столе руководителя, или перевернули служебный форд фокус?
Если так - то разумеется придется платить.

Если же ваш работодатель просохатил проект - и влетел на штрафные санкции по договору, это его проблемы.
Вы-то тут каким боком?

Ваша задача в компании - работать работу. Вас не касаются проблемы компании.
Если компанию кинули, не заплатили, клиент ушел - это все не ваша забота.
Ваша забота выполнить порученную работу и получить зарплату.

Все свои классы располагаете в папке app/ (к примеру)
Всем классам задаете namespace Fogersp\SuperProject
В composer.json пишете в секции autoload

...
"autoload": {
  "psr-4": {
    "Fogersp\\SuperProject\\": "app"
  }
},
...

Это значит, что классы с нэймспейсом Fogersp\SuperProject автозагрузчик будет искать в папке app/
Например, класс Fogersp\SuperProject\DB\Entry должен располагаться в файле app/DB/Entry.php

Далее в корне проекта выполняете команду
composer dumpautoload
и композер создаст вам автозагрузчик.

Теперь в точке входа подключаете этот загрузчик и не паритесь о подключении файлов
include '../vendor/autoload.php';

Вот и всё =)