С Эклипсом разобраться не проблема. Он хоть и странный, но вполне понятный. Поддержка Андроида в нём прекрасная, даже эмулятор есть.
Нативный код писать не пробовал, потому что не захотелось возиться с поддержкой разных архитектур процессоров, а на Java такой проблемы нет (я не заботился о производительности и проблем с ней не возникло у меня).