вы как-то странно говорите об исходниках - как раз они и предоставлены для просмотра и использования. и если бы вы посмотрели исходники, то увидели бы, что я пробовал browserify-shim. другой вопрос - правильно ли я его применил? )
не могу понять - зачем добавлять jquery в head? jquery есть в package.json, browserify должен подтягивать jquery через require как зависимость (наравне с плагином jquery.scroolly) и включать в общий app.js. я не прав?