2 дня мучаюсь, щас вот пишет что почему то не найдены
Разумеется не найдены. Содержимое контейнера изолировано от хостовой системы (в этом весь смысл), соответственно если директория
/etc/letsencrypt не подмонтирована в контейнер, Nginx никак не сможет получить доступ к сертификатам.
docker run --rm -v /etc/letsencrypt:/etc/letsencrypt -p 80:9080 my-app