Самый простой и правильный способ - замерить избыточное давление на входе и выходе и по разности определить перепад. также учесть что при разных скоростях потока разница будет менятся.
Проблема в другом, давления очень низкие и подобрать средство измерения проблематично(дорого)...
вот что-то типа того

p.s.
либо можно собрать схему из MPXV7002DP(или аналогичного, главное чтобы по разнице давлений подошел) + arduino