ИМХО зря — правильная архитекутра еще никому не вредила, спланируйте лучше с учетом возможных перспектив. Что будет если вы передумаете, придется переделывать структуру?
Open Source и разработчик-одиночка все-таки не одно и то же, почему бы вам не собрать команду?
Если же все-таки нет, то я надеюсь найдутся более опытные, чем я, разработчики и помогут советом.
Ну тогда рисовать онлайн =) Есть много реализаций, в основном правда на флеше, что не всегда удобно.
Еще могу порекомендовать обратить внимание на реализации некоторого подобия mind mapов, пример: www.xmind.net/share/, самому раньше случалось пользоваться нынче умершей thinkature.com — через браузер общались несколько человек, создавали карточки (мысли/фишки+структура) — очень удобно было. Сейчас сам хочу в ближайшем будущем нечто подобное сделать, только с блекджеком, потому, что живые аналоги не очень подходят под мои задачи.