лучше поздно, чем никогда:
в cmd
copy /b файл_1+файл_2+...+файл_N файл_результат

Возможно подойдет решение с типом поля "Справочник" ?
Так же может подойти вариант использовать множественное поле?

Не используйте scandir на таком количестве файлов.
Попробуйте
$dir = opendir($rootPath);
while($file = readdir($dir)){//тут цикл на 100
if(is_dir($rootPath .'/'. $file)){
}
}

Простым способом этого сделать не удалось. Описания \Bitrix\Sale\Delivery\ExtraServices вообще нет
не знаю насколько это решение верное, но кое-как реализовал:

$order = \Bitrix\Sale\Order::load($arOrder['ID']);
$shipmentCollection = $order->getShipmentCollection();
$stores = \Bitrix\Sale\Delivery\ExtraServices\Manager::getExtraServicesList($arOrder['DELIVERY_ID']);

foreach ($shipmentCollection as $shipment){ 
	$extra = $shipment->getExtraServices(); //массив значений доп.услуги, типа array([10]=>'Y')
	if(!empty($extra)){
		foreach($extra as $key => $value){
			if($value == 'Y')
				echo $stores[$key]['NAME']; // получаем наименование доп. услуги
		}
	}
}