Не используйте scandir на таком количестве файлов.
Попробуйте
$dir = opendir($rootPath);
while($file = readdir($dir)){//тут цикл на 100
if(is_dir($rootPath .'/'. $file)){
}
}
Как вариант воспользоваться фильтром:
$GLOBALS['arrFilter']=array("SECTION_ID" => ID_СЕКЦИИ);
и в вызове компонента:
"USE_FILTER" => "Y",
"FILTER_NAME" => "arrFilter",
ID_СЕКЦИИ можно передать GET параметром или делать через CODE, если чпу
