Используйте шаблон конфигурации виртуального хоста в папке с нужным доменом для создания особой конфигурации домена. При создании/изменении файла требуется перезапуск сервера. Шаблон конфигурации для нужного модуля можно найти в папке ./userdata/config/.

Например, если вы хотите создать собственную конфигурацию домена xxx.ru для модуля Apache-2.4.2, то скопируйте файл ./userdata/config/Apache-2.4.3_vhost.conf в папку с нужным доменом, отредактируйте этот файл под свои нужды и перезапустите сервер.

Или другой пример, при использовании модуля Apache+Nginx можно скопировать в папку домена оба файла конфигурации для каждого сервера: Apache-2.2.23+Nginx-1.2.4_vhosta.conf и Apache-2.2.23+Nginx-1.2.4_vhostn.conf.

Обратите внимание - при редактировании конфигурации хоста нельзя удалять или заменять системные переменные %...%, вы можете вносить только новые записи дополняющие конфигурацию.