Как ограничить количество воркеров MongoDB?

Именно так, в настройках htop отключите отображение тредов

Motion + ffmpeg. Какие версии рабочие под Linux Debian Lenny?

Есть репозиторий debian-multimedia.org там есть куча всяких кодеков.

Yota + Torrent?

Когда я последний раз спрашивал, это правда было относительно давно, выделенные IP у них не были доступны в принципе.

Есть ли альтернативы декодеру Лебедева?

Это самый лучший сервис из подобных.