Дмитрий Беляев: В общем проблема решена :-) Она не связана никак с конфигами апача и nginx. Как оказалось, от старых программистов весел скрипт, который раз в минуту подключался к сайту, и если код не 200 то он перезапускал апач. Когда перешли на https поставили редирект с http, и скрипт стал раз в минуту апач перезапускать, из-за чего выгрузки и обрывались :-)
Дмитрий Беляев: Не помогло. У апапча таймаутов нет, в php set_time_limit установлено в 0. Запрос по http обрабатывается сколько угодно времени, а вот по https отваливается примерно через 2 минуты.
Пума Тайланд: Percona затюнингована под максимум, так же как и web-сервер. Процент медленных запросов составляет 0.0016929865107642% и они находятся в закрытой части сайта и никак не влияют на производительность основной части сайта. 3% выигрыша в производительности в моем случае это тоже хорошо, т.к. сейчас эти 3% забирает жесткая политика ведения бинлогов и репликации. И я считаю, что насчет 3% вы слишком преуменьшили.
Да, в d_sale_order_prepayment тоже может быть несколько записей. Так же кол-во записей в d_sale_order_prepayment и d_sale_order_excess_fare может не совпадать. Проблема битья на 2 запроса заключается в том, что конечная цель это фильтровать заказы в WHERE по общей сумме данных из этих 2х таблиц.