Нет идеального мониторинга.
Я тоже задавалась такими вопросами, сейчас просто допиливаю инструменты, которые есть, под свои нужды.
Пишите плагин для заббикса.

Зачем вам вообще nginx? Апач прекрасно умеет отдавать статику. У вас же не высоконагруженные проекты, это просто разработка?
Я правильно понимаю, что вы развешиваете сайты по разным портам?
Проще все отдавать с 80 по доменным именам.