brinycp - лучшая среди бесплатных, есть много функционала для усиления безопасности
fastpanel - хорошая панелька но уступает brinycp
vestacp вроде не плохая панель (много уязвимостей)
--
но в этих панелях нет интеграции Revisium WAF в этом плюс ISPManager
Все панели нужно настраивать на максимальную безопасность, закрывать доступ снаружи (закрывать доп авторизацией к панелям, phpmyadmin, webmail), для безопасности сайтов выключать потенциально опасные функции php и настраивать ModSecurity, для усиления безопасности сервера настраивать SELinux, AppArmor, проводить аудит безопасности сервера.
Если нужна в этом помощь пишите.
Это основное что описал далеко не все.