ky0

Любой нормальный шаблон для Заббикса включает в себя метрики дедлоков, если вы про это.

С минимальным простоем - да, репликация. Выключаете на старом месте, включаете на новом. Блокировать ничего не нужно.

Никакую базу, имхо, не нужно использовать с "FTP через FUSE".

Отчёты вполне можно выполнять по read-only реплике, например (из опыта постгреса говорю). Но вообще странно, что DBA не дают по шапке за проблемы с базой...

Файлы базы нормально нагруженной СУБД в виртуалку засовывать особого смысла нет.

Если же неудобства и оверхед по I/O вас не волнуют - без разницы, контейнер это будет или виртуальная машина, важнее на каких дисках это всё будет располагаться и верно ли будет настроена сама СУБД в плане производительности.

Смотрите, например, отличный ответ Melkij - Как настроить Postgres в Docker?

P.S. - добавьте mysql в тэги, кстати. Всё сказанное выше справедливо и для него, хоть и написано про постгрес.