Почему написание скрипта на пару десятков строчек, делающего дифференциальные бэкапы файлов каким-нибудь rdiff-backup
`ом и дамп баз данных родными утилитами вы называете мучением?
Более гибко и эффективно, чем так - никакая централизованная система вам не сделает. Централизация/унификация имеет смысл, когда сервисов много и они однотипные. Для ваших же объёмов, на мой взгляд, практичнее именно самописный скрипт.