Всё зависит от конкретного случая, универсального ответа на ваш вопрос нет. Как человек, более близкий к админству, могу сказать, что на объёмах в сотни тысяч строк, то есть вполне помещающихся в оперативную память, вполне можно не заморачиваться преждевременной оптимизацией, главное, чтобы в таблицах были нужные индексы.