Файл в урле может быть только один - в конце собственно пути и перед аргументами, идущими после вопросительного знака. В вашем случае api.php
- это часть пути.
Если обрабатывать такие урлы нужно как-то по-особенному, можно поиспользовать регулярку с последующим rewrite`ом, например.