Ядро старое, версия РНР старая... первое, что приходит на ум - перенести всё к чертям на более свежую ОС, попутно вдумчиво настроив.
Или погодите - это шаред хостинг какой-то, что ли? Тогда можно водить руками очень долго - а причина окажется в каком-нить прожорливом соседе.