Скорее всего проблемы не с контроллером, а с моделью.
За обновление заказа отвечает не
admin/controller/order.php
a
catalog/controller/api/order.php
Попробуйте в нем перед
$this->model_checkout_order->editOrder($order_id, $order_data);
вывести в лог $order_data и посмотрите есть ли там дубли уже. Если есть, то проблема где-то в контроллере, если нет то уже в модели model/checkout/order.php метод editOrder
В ocStore 2.1 и Opencart Pro проблемы не наблюдаю