В таком случае вам надо каждому чекбоксу задать атрибут, к примеру, data-input="тут класс инпута" и при клике на чекбокс читать этот атрибут, находить инпут с этим классом и устанавливать ему значение.
Вы бы код какой-то привели, как вы это сейчас делаете. Если вы подгружаете на странице какой-то HTML блок, то скрипт, скорее всего, сработает, когда будет загружен именно HTML-код и вставлен в основной DOM, после чего начнут загружаться картинки. Ваш код позволил бы ответить точнее.