На самом деле всё просто. Куки - для сервера, локалсторадж - для клиента. Если информация, которую вы собираетесь хранить, нужна только на клиенте - нет никакого смысла в том, чтобы гонять куки туда-сюда при каждом запросе к серверу. Если какая-то информация нужна постоянно серверу - используйте куки.
Кроме того, а куки 4кб выделяется, на localStorage - 5 мб.
Подводных камней нет никаких, если нет необходимости поддерживать старые ие - используйте смело.
caniuse.com/#search=localstorage
Что касается отключения: пользователь
может превентивно запретить использование localStorage. На практике с таким не сталкивался, думаю, что целенаправленно этим занимаются еще реже, чем отключением cookies.
