К уже написанному выше дополню:

Куку можно ставить на домен второго уровня и она будет доступна в поддоменах, а localStorage привязывается только к полному домену.

Еще учтите, что в safari есть специальный режим при котором любая попытка записать что-либо в localStorage будет приводить к скриптовой ошибке. Этим режимом не часто но пользуются, так что лучше добавить обработку этой ошибки.

А так, пользуйтесь тем, что лучше подходит.