Решение такое: В настройках прокси в Windows добавил все сервера, куда стучится в скайп в исключение. Настройках маршрутизатора(mikrotik) в NATдобавил правило:
add action=masquerade chain=srcnat dst-address list=Skype out-interface=ether2 src-address-list=DENY_NAT
, где Skype- список с серверами скайпа, а DENY_NAT список ip сети, кому разрешен NAT на список скайповских серваков и все! Остальной NAT закрыт.
список адресов с командами для Mikrotik:
add address=mobile.pipe.aria.microsoft.com list=Skype
add address=azseas1-client-s.gateway.messenger.live.com list=Skype
add address=prod.registrar.skype.com list=Skype
add address=skype.com list=Skype
add address=microsoft.com list=Skype
add address=trouter-neu.trouter.skype.com list=Skype
add address=go.trouter.skype.com list=Skype
add address=api.asm.skype.com list=Skype
add address=browser.pipe.aria.microsoft.com list=Skype
add address=weu1-api.asm.skype.com disabled=yes list=Skype
Параметры для исключения в настройках прокси-сервера в WIndows:
api.asm.skype.com:443;*skype.com;*microsoft.com;azseas1-client-s.gateway.messenger.live.com;trouter-neu.trouter.skype.com;mobile.pipe.aria.microsoft.com;browser.pipe.aria.microsoft.com;go.trouter.skype.com;prod.registrar.skype.com
Отписываюсь тут, мало ли кому понадобится