Javascript должен либо работать в том месте, где он стоит и будет прочитан (что не совсем правильно, имхо, потому как это скриптовый язык и ему в 99.99% нужен готовый DOM, а не его кусок), либо по событию. Подходящее событие определяется исходя из задачи. В вашем случае это DOMContentLoaded.
Вставлять не обязательно (и даже нежелательно) в начало BODY, хоть многие счетчики / чаты поддержки и прочее говнецо именно так рекоммендуют. Минус такого подхода в том, что эти ваши скрипты, которые стоят в начале BODY и вызываются не по ивенту, а "сразу", будут блокировать все остальное. Это антипаттерн в плане оптимизации. Ставьте такой код перед закрывающим BODY. Эффект будет тот же, за исключением мелочей - например, счетчики статистики могут не успеть посчитать какое-то мизерное количество юзеров, которые ушли с сайта чуть раньше, чем страница прогрузилась до скрипта. Ну и хрен с ними, этими данными можно пренебречь. Намного важнее чтобы 99% пользователей получали страницу быстрее благодаря меньшему TTI.
Как подгрузить их в WP? Да обычными стандартными средствами через functions.php. Если грузить в конце документа. Лучше всего сам js-код разместить в отдельном js-файле, его подключать в подвал, с async / defer по возможности.
Было бы интересно узнать что это у вас за код такой, который нужно конкретно ставить в нужном месте. Скорее всего это просто неправильно написанный js.
