Обычно у движков есть модуль роутинга, которым этим занимается. А .htaccess указывает только точку входа на index.php. Погуглите документацию к движку или поищите настройки роутинга в файлах движка
По сути панели — это лишняя надстройка, которая забирает ресурсы и ухудшает безопасность. Рекомендую присмотреться к Ansible. Возможно вначале покажется сложным, но один раз написав сценарии, можно за считанные минуты разворачивать сервера со всеми вашими пользователями и их настройками на любом хостинге. Куча готовых сценариев на https://galaxy.ansible.com/
Можно определить либо просканировав подбором самые популярные названия (admin, modules, templates), либо выкачать сайт каким-нибудь оффлайн браузером (Teleport Pro для Win; Site Sucker для OS X). Но в любом случае так вы раскроете только часть директорий и большинство из них скорее всего окажется виртуальными.
1) Попробуйте воспользоваться одним из множества декомпиляторов (SWF Decompiler, Flash Decompiler).
2) Также можно попробовать сконвертировать SWF в HTML5 через Google Swify
Если получится, то внести правки в HTML труда не составит