Разбейте общую схему на уровни. Общие планы и детализация. Предупредите разработчика о предстоящих изменениях, и попросите учесть это.
Если не известны сами изменения, тем не менее известен их характер. "Измениться может все" - это тоже можно смело документировать.
Графические форматы вас не спасут. Простой документ, написанный совместно с разработчиком, в беседе - да. Просто нанесите на бумагу то, что вы говорите вслух, в этом весь секрет. Судя по постановке задачи, сейчас вы этого не делаете.