Какие есть неписаные правила организации верстки?

Лично у меня Sass лежат в папке CSS ибо Koala почему то дублирует файлы там где находятся файлы Sass и туда куда я указал компиляцию т.е в /css, получается каша, поэтому я все css, sass файлы кидаю в одну папку /css и всё нормально, но лучше конечно в CSS создать папку Sass если нету подобной проблемы. А вообще, разницы толком нету, делайте как удобно, главное что бы вы понимали что и где лежит.
Поробуй такую структуру, мне помогло

Заметьте, я создал именно папку sass, чтобы Koala для готового .css файла создала отдельную css папку в корне проекта. Она умеет такое делать автоматически, но только когда исходная папка имеет имя sass, даже если внутри .scss файлы.