Sass можно закинуть в папку CSS, либо в Css создать папку Sass
А так должно быть так:
/img - все изображения
/css - тут файлы с оформлением
/libs - тут плагины js (слайдеры, анимашки, бутстрап, и т.д)
/js - сюда можно положить js файл где будут указаны параметры этих самых плагинов (common.js)
Лично у меня Sass лежат в папке CSS ибо Koala почему то дублирует файлы там где находятся файлы Sass и туда куда я указал компиляцию т.е в /css, получается каша, поэтому я все css, sass файлы кидаю в одну папку /css и всё нормально, но лучше конечно в CSS создать папку Sass если нету подобной проблемы. А вообще, разницы толком нету, делайте как удобно, главное что бы вы понимали что и где лежит.
А и ещё, в Brackets например при работе в Sass не заполняются ссылки на изображения, например когда пишешь в src="" - img т.е начинаешь заполнять src то редактор обычно сам предлагает пути к файлам а если sass лежит не в той же папке что и CSS то пути будут разными и писать нужно уже в ручную ибо будет уже не ../fonts/ а будет уже ../../fonts ибо папка Sass будет лежать не там куда компилируется CSS файл а внутри т.е /css/sass