Сергей nix, во-первых перейдите на IKE2.
Проверьте, что бы параметры Lifetime и DPD совпадали на микротиках и Керио.
На крайний случай настройте скрипт по расписанию, который будет переподключать туннель в случае его падения. Если используете L2TP, бывает, что он залипает несмотря на активную IPSec-сессию, помогает ручной Kill connection, в этом случае можно викинуть прослойку L2TP и перейти на туннельный IPSec.