Я заинтересованное лицо (партнёр Atlassian), считаю что JIRA это уже стандарт де факто. Да, есть криворукие Яндекс администраторы, но есть и пряморукие Mail.ru администраторы. В среднем же по больнице альтернативы нет.

https://marketplace.atlassian.com/plugins/jira-tim...

Реестр можно сделать с помощью Blueprint шаблонов. Делаешь шаблон в спейсе и в сайдбаре появится реестре для страниц с договорами.

А вот всё остальное можно только с помощью модификации шаблонов https://habr.com/post/173797/.