Посмотрите в сторону механизмов обновления разных cms систем. Обычно все файлы сайта делят на ядро - файлы, одинаковые для всех сайтов на cms, и клиентскую часть - файлы специфичные для каждого конкретного сайта.
При появлении нового функционала ядро автоматически обновляется.