query_cache_size лучше поставить в 0 и отключить кеш запросов, потому что если ядер больше одного, то случается дедлок из-за конкуренции в кеше (подробности в гугле, но можно просто отключить кеш).
Ну а увеличить таймаут можно поставив большой wait_timeout (и interactive_timeout), но без веских причин это лучше не делать, чтобы не сделать самим себе дос.
У других не менее известных товарищей есть очень удачный опыт использования AUFS с одинаковым изначально шаблоном - все бинарники оказываются сразу в памяти только один раз. (правда в этом случае секонд юзер квоты приносятся в жертву, и возможно не совсем корректно считается используемая память).
Пума Тайланд: применительно к исходной проблеме - никакого смысла. А в нашем случае - нам хотелось иметь больше заранее свободной памяти, чем получалось по дефолту.
мы, кстати, пробовали играться, в контексте шаред хостинга. Измеримых или хоть как-то видимых изменений нет, ибо памяти в сервере, допустим, 128, 256 или даже 512 гигабайт, а дисков в таком сервере на несколько терабайт. Т.е. любая свободная память рано или поздно уходит под дисковый кеш (и это хорошо).
Ну а увеличить таймаут можно поставив большой wait_timeout (и interactive_timeout), но без веских причин это лучше не делать, чтобы не сделать самим себе дос.