Если у вас ext4, то проблема происходит от журнала. Если запустить
iotop -oPa
увидите jb2, съедающий всё ио (или iostat -kx 1)
1) можно просто удалить журнал.
tune2fs -O ^has_journal /dev/sdX
где sdX - ваш диск с разделом (т.е. например sda2)/
Вопреки популярным мнениям - в контексте хостинга ничего страшного без журнала не случится (предполагая, что у вас относительно нормальный сервер в относительно нормальном ДЦ).
2) Можно поставить нормальные серверные диски.
Это, например, Intel s3610, но если без очень больших нагрузок, то Intel S3500 или Seagate 600 Pro тоже будет, скорее всего, достаточно (но Seagate 600 Pro не советую, в текущий момент его смысла покупать уже нет).
upd: про 20тб. Проблем в целом не должно быть, если это zfs (raidz2, например), + l2arc cache. Ну или делать на ссд дисках (серверных типа s3610, или обычных, но с LSI контроллерами).