Перед выключением копируете нужные файлы (в вашем случае /home или /root, но работники из-под рута будут отправлены Богом в /dev/null вместе со всей системой, чтобы патчи Бармина не плодить, а также программы (/usr/bin, /usr/sbin, /bin и т. д.) и /etc).
Или:
1. монтируете все нужные разделы с sd
2. перемещаете на них данные
3. модифицируете /etc/fstab
4. woonem@raspberrypi ~$ sudo mount -a
5. woonem@raspberrypi ~$ sudo reboot
6. Все файлы должны быть на месте.