Пользуюсь этим.
https://www.lucidchart.com
Забавно видеть, как несколько человек рисуют параллельно.
Очень удобно для совместной работы.
Если же речь идет просто о рисовании диаграм/схем, то в банальнейших Microsoft Office/LibreOffie/OpenOffice есть то, что нужно для этого. Сохраняешь в виде картинки и вставляешь на сайт.
